Христиане появились на территории современной Болгарии в глубокой древности. В эпоху борьбы с арианством в Сердике (ныне София) в 343 г. проходил Собор.
Болгары-тюрки, завоевавшие эту область Византийской империи в VII в., в массе своей были язычниками, но уже имели контакты с христианскими миссионерами.
В 865 году болгарский царь Борис I принял крещение от византийского епископа, после чего началась христианизация всего народа.
В Х веке Болгарское государство усилилось, и в 927 г. Константинополю пришлось признать царя императором болгар, а Преславского архиепископа – Патриархом Болгарской Церкви. Однако в 971 г. византийцы вторглись в Болгарию, и болгарский Патриарх бежал в Охрид (Македония). В 1018 г. византийцы завоевали Македонию и понизили статус Патриархата до автокефальной Архиепископии.
В 1186 г. Болгария вернула себе независимость и основала вторую империю со столицей в Тырново. В 1204 г. Болгарская Церковь вошла в церковное общение с Католической Церковью. Однако в 1235 г. царь Болгарии заключил в Константинополе союз с греками, которые ради этого согласились признать Болгарского Патриарха. Общение со Св. Престолом было разорвано.
С началом турецкого владычества в 1393 г. Болгарская Церковь утратила автокефалию и была включена в Константинопольский Патриархат. В 1870 г. Османское правительство разрешило восстановить национальную Болгарскую Церковь как автономный экзархат. Константинополь отреагировал на это резко отрицательно и в 1872 г. объявил Болгарскую Церковь схизматической. Этот разрыв продолжался и после превращения Болгарии в 1878 году в княжество, а в 1908 году – в независимое королевство.
В 1944 г. в Болгарии был установлен коммунистический режим, Церковь была отделена от государства, многие священнослужители и рядовые верующие подверглись репрессиям. Система взаимоотношений Церкви с властями напоминала советскую.
В 1945 г. Константинопольский Патриархат признал, наконец, автокефалию Болгарской Церкви. В 1953 г. митрополит Софийский стал Патриархом и в 1961 г. был официально признан Константинополем.
После падения просоветского режима в Болгарской Православной Церкви произошел раскол. В 1992 г. Парламентской комиссией по делам вероисповеданий был поднят вопрос о легитимности избрания двадцать первого Болгарского Патриарха Максима (Минкова), избранного 4 июля 1971 г., в период жесткого контроля за Церковью со стороны коммунистической власти. Председателем этой комиссии был депутат от правящей партии – "Союза Демократических Сил" иеромонах Христофор (Сыбев). Свои выводы комиссия передала в Управление по делам вероисповеданий при Совете Министров. 9 февраля 1992 г. Управление приняло решение, в котором, в частности, говорилось: "Известно и доказано грубое вмешательство бывшего партийного и государственного руководства в вопросы подбора кадров и другие церковные дела". В документе приведены статьи Устава Болгарской Православной Церкви и Закона о вероисповеданиях 1971 г., которые были нарушены при избрании Патриарха Максима. В заключении говорится: "Изложенные факты подтверждают, что патриарх Максим был избран и в нарушение Устава Болгарской Православной Церкви, и в нарушение Канонов Вселенской Православной Церкви. Его избрание несостоятельно. Управление по делам вероисповеданий, будучи государственным органом, который обязан следить за законностью выборов и проводить их регистрацию согласно статье 16 "Закона о вероисповеданиях", объявляет незаконность этих выборов. После уведомления о настоящем решении Патриарх Максим не может занимать пост главы Болгарской Православной Церкви и Митрополита Софийского, а также представлять упомянутую Церковь и кафедру".
Часть иерархов: Неврокопский Пимен, Старозагорский Панкратий и Врачанский Калинник признали это решение справедливым и отказались подчиняться Патриарху Максиму и возглавляемому им Синоду. Позже к ним примкнуло еще несколько епископов. Остальные митрополиты сочли акцию Управления по делам вероисповеданий грубым вмешательством во внутренние дела Церкви.
31 мая 1992 г. неподвластные Патриарху Максиму митрополиты взяли под свой контроль здание Синода и образовали альтернативную структуру, не признаваемую другими каноническими Православными Церквами. 4 июля 1996 г. они провозгласили Болгарским Патриархом митрополита Неврокопского Пимена.
В 1998 г. в Софию для оказания помощи в преодолении раскола собрались предстоятели и иерархи всех Автокефальных Православных Церквей: Патриархи: Константинопольский Варфоломей, Александрийский Петр, Антиохийский Игнатий, Сербский Павел, Румынский Феоктист; главы Церквей: Кипрский Архиепископ Хризостом, Элладский Архиепископ Христодул, Польский Митрополит Савва, Албанский Архиепископ Анастасий; от Иерусалимской и Чехословацкой Церквей также прибыли представительные делегации. Русскую Православную Церковь представляла делегация во главе с Патриархом Алексием II. Синод подтвердил полномочия Патриарха Максима и достиг примирения противостоящих сторон. Патриарх Пимен и другие епископы покаялись в своих действиях и были снова приняты в общение с Православной Церковью в прежнем сане вместе со своими священниками и мирянами.
Часть верующих отказалась подчиняться Синоду и продолжает находится в расколе. Правительство решением Верховного административного суда в октябре 2000 года объявило о возможности существования и регистрации в Болгарии нескольких Болгарских Православных Церквей.