Одними из первых европейцев, посетивших Индию с целью проповеди христианской веры, были монахи-францисканцы. Иоанн де Монтекорвино прибыл сюда в 1293 году и в течение последующих 20 лет отдельные миссии францисканцев функционировали в различных местах западных Гхат. После убийства четырех монахов в Тхане (город возле современного Мумбаи) деятельность миссий была ограничена, но уже в 1329 году доминиканец Иордан Каталани был назначен епископом Куилона, а в 1348 году сюда прибыл посланник Папы, Иоанн де Мариньоли.
Португальцы, многие годы снаряжавшие экспедиции, чтобы открыть путь в Индию, в 1498 году под началом Васко да Гамы достигли Каликата, небольшого княжества и важного порта на Малабарском побережье. Оказалось, что европейские товары того времени не представляют интереса для индийских правителей, тогда как в военном отношении португальцы были значительно сильнее. В результате португальцам удалось захватить практически все западное побережье полуострова Индостан и в том числе остров Гоа (1510 год), ставший центром всех португальских владений на Востоке. Параллельно с завоеваниями проходила и христианизация местного населения – порой насильственная, когда под угрозой расправы крестили целые деревни. Христиан восточного обряда, уже живших в Индии, заставляли переходить в латинский обряд, что вызвало в их общине расколы и привело к открытому мятежу против португальцев и отказу подчиняться Риму.
Тем не менее, среди миссионеров, работавших в Индии, были и те, кто, признавая необходимость активной проповеди, не были сторонниками столь жестоких мер. Среди них особое место занимает Франциск Ксаверий, святой покровитель Гоа. В 1539 году, находясь в Риме в связи с официальным признанием ордена иезуитов, в создании которого он играл активную роль, по просьбе португальского короля Иоанна III, Св. Франциск был назначен главой миссии, призванной евангелизировать Ост-Индийские колонии. Еще в 1534 году Папа Павел III издал буллу "Aequum Reputans", по которой предполагалось создать единую епархию с юрисдикцией от мыса Доброй Надежды до Китая и дальше на восток.7 апреля 1541 года корабль Франциска Ксаверия покинул Лиссабон и после трудного и опасного путешествия прибыл в Гоа, центр новой епархии, 6 мая 1542 года.
К этому времени португальцы владели островом и окрестностями уже около 32 лет. Помимо индусов и мусульман, составлявших большинство населения провинции, здесь уже существовала небольшая христианская община, и было выстроено несколько церквей. Епископ Иоанн де Альбукерке с радостью принял Франциска и, видя благородство его намерений, разрешил действовать согласно собственному усмотрению и велениям сердца. Первые 5 месяцев Франциск молился и проводил службы в тюрьмах и госпиталях. Проходя по улицам, он звонил в колокольчик, призывая всех желающих, особенно детей, на проповедь. Метод Франциска заключался в том, что он сочинял короткие песенки на местных языках, излагавшие истины христианской веры, или просто перекладывал на индийские мелодии известные молитвы. Большое внимание Франциск Ксаверий уделял и работе Коллегиума Святой Веры (Колледж святого Павла), предназначенного давать духовное образование жителям Гоа и приезжим. Предполагалось, что эти люди, вернувшись в свои родные края, начнут там проповедь Евангелия. Однако вскоре ему пришлось покинуть Гоа и отправиться на Юг, в Конкани, так как, по-видимому, его вмешательство в установленные португальцами порядки стало слишком велико, и он перестал находить общий язык с властями. В конце сентября он прибыл на новое место и, несмотря на трудности с изучением местных языков, продолжил свою работу среди занимавшихся рыболовством племен парава.
На Юге и Западе Индии Франциск провел около трех лет, дойдя до крайней южной оконечности Индии, мыса Каньякумари, и даже переправившись на остров Цейлон (Шри-Ланка). Ему удалось обратить многих, хотя поведение португальских солдат, призванных демонстрировать образец христианской жизни, часто восстанавливало местных жителей против новой веры. В письмах королю Португалии Франциск выражал свое негодование: "…у Вас нет права проповедовать в Индии католичество, пока Вы лишаете страну всех ее богатств" (…) "Возможно, что когда наш Господь Бог призовет на Суд Ваше Величество, Вы услышите Его гневные слова: "Почему ты не наказал тех, кто, будучи твоими подданными и находясь в твоей власти, были Моими врагами в Индии?". Такая жесткая критика моральных качеств и поведения местных властей лежит в основе обвинений в адрес Франциска в организации инквизиции на территории Гоа, деятельность которой привела к тому, что многие семьи были вынуждены переселиться на Юг страны, в Мангалор. Тем не менее, эти обвинения лишены всяких оснований, так как деятельность инквизиции в этом регионе началась только в 1560 году, 8 лет спустя после его смерти. В 1545 году Франциск Ксаверий покинул Индию и отправился в Малакку, а потом – на Филиппины и в Японию. В это время в Индии действовали другие миссии иезуитов, и, кроме того, некоторые новообращенные индийцы были приняты в орден. Франциск Ксаверий был канонизирован вместе с Игнатием Лойолой в 1622 году и считается величайшим миссионером и проповедником со времен апостолов. Его тело по сей день хранится в серебряной гробнице в соборе Бом-Иисуса в Старом Гоа, а 3 декабря отмечается день его памяти.
Вскоре после смерти Франциска Ксаверия стали очевидными результаты работы основанного им Коллегиума святого Павла. Его выпускники основывали миссии в различных частях Индии, в том числе и на территории Могольской империи, где в то время на престоле находился император Акбар, известный своим лояльным отношением к последователям самых различных религий. В 1578 году Акбар пригласил иезуитов из Гоа в Фатехпур Сикри, город неподалеку от Агры. Там находился "Молитвенный дом", где мусульмане, индусы, джайны, парсы, сикхи, христиане и иудеи должны были собираться для ведения дискуссий с целью выявления истины о Боге.
Всего при дворе Акбара побывало три миссии иезуитов. Первую миссию (1580 – 1583) составили Рудольф Аквавива, Франциск Энрикес и Антонио Монсеррат. Последний вел ежедневные записи, которые легли в основу его труда, посвященного истории северной Индии с конца XV века. Это первая книга подобного рода, написанная европейцем. Вторая миссия (Эдуард Левтан и Христофор де Вега) прибыла ко двору могольского императора в 1591 году. Причиной этого стал визит в Гоа греческого священника Льва Гримона. Во время путешествия по Азии Гримон оказался в Пенджабе и был доставлен для допроса в Лахор, где в то время находился император. По собственной просьбе его отправили для знакомства с местными христианами в Гоа, где он рассказал с большими преувеличениями о милости императора и его готовности принять христианство. По прибытии миссии, однако, оказалось, что это далеко не так. Акбар принял иезуитов с большим почтением, но по-прежнему не проявил интереса к перемене веры. Все же он позволил открыть школу, где дети придворных смогли получать образование европейского образца. Миссионеры возвратились в Гоа в 1592 году, а в 1594 их сменила делегация во главе с Иеронимом Ксаверием, имевшая уже преимущественно политические задачи – не допустить проникновения в Могольскую империю новых завоевателей – англичан.
Говоря о результатах работы миссий, необходимо отметить, что их единственной и несомненной целью являлось обратить в свою веру императора, а через него и все население Индии. Именно поэтому, когда в результате Акбар основал собственное религиозное учение (Дин-и-Иллахи), иезуиты были разочарованы и оставили достаточно нелестные отзывы об Акбаре и его окружении в своих воспоминаниях. Тем не менее, эти миссии нельзя считать абсолютно неудачными. Они послужили началом межрелигиозных контактов и способствовали распространению христианства в северной Индии. Одной из жен Акбара стала христианка Мириам, с судьбой которой связано строительство одной из первых церквей в этом регионе – Церкви Акбара в Агре. Легенда гласит, что однажды Мириам тяжело заболела, и никто не мог ей помочь – ни врачи, ни зн ахари. Тогда, чувствуя приближение смерти, она попросила позвать к ней священника, и его молитвы помогли ей чудесным образом исцелиться. Обрадованный Акбар обещал исполнить любое желание спасителя своей жены, и он попросил разрешения построить здесь храм. Так здесь появилась эта небольшая церковь, к которой индийские католики относятся с большим почтением. Возможно, христианство приняли два племянника Акбара, но точных сведений об этом нет. Перенимали новую веру и придворные: наиболее известной из них является Самру Бегам, построившая кафедральный собор Святой Марии в Сардане, неподалеку от Дели. Сюда приходят не только христиане, но также и мусульмане и индусы: считается, что молитва в гроте Пресвятой Девы помогает обрести потомство.
В наши дни Католическая Церковь – самая многочисленная и влиятельная из всех христианских Церквей в Индии. В ее ведении находится 7500 детских садов и яслей, 14 638 начальных школ, 9414 средних школ, 460 общеобразовательных колледжей, 63 медицинских и педагогических колледжей, 6 инженерных школ.