Апостолические викарии, управлявшие католической общиной Утрехта, в XVIII веке вели активную полемику с иезуитами по вопросу о янсенизме. Отчасти вследствие этой полемики утрехтская церковь стала противопоставлять себя Св. Престолу. Когда апостолический викарий Кодд (ум. в 1710 г.) был смещен Римом в результате обвинения в янсенизме, утрехтский капитул не признал решения Папы.
Преемник Кодда Корнелий Стееновен, избранный капитулом в 1723 г., не был утвержден Св. Престолом. Таким образом возникла схизма, вскоре признанная государством в качестве самостоятельной церкви во главе с архиепископом.
После раскола утрехтский капитул продолжал считать Папу главой Церкви и каждого новоизбранного епископа представлял на утверждение в Рим, однако Св. Престол неизменно отказывал. Несколько папских эдиктов осудили Утрехтскую церковь.
Утрехтская церковь не признает учения о папской безошибочности и буллу Unigenitus. После провозглашения Св. Престолом в 1854 г. догмата о непорочном зачатии Пресвятой Девы Марии, он также был отвергнут. Утрехтский капитул не признал и постановлений I Ватиканского Собора.
В 1889 г. Утрехтская церковь вступила в полное общение со старокатоликами.