В 1794 году в составе русско-американской торговой компании к южным берегам Аляски отправились монахи Валаамского Спасо-Преображенского монастыря - архимандрит Иоасаф, иеромонахи Ювеналий, Макарий и другие. Они считаются первыми православными миссионерами Америки. Монахи занялись обращением в христианство местных жителей - алеутов. Центром миссии стал остров Кадьяр (Кодиар). В 1799 году в Иркутске Иоасаф(Болотов) был хиротонисан во епископа Кадьякского, но, возвращаясь в Америку, погиб на затонувшем корабле "Феникс" вместе со всеми спутниками. В 1807 году миссию возглавил Герман Аляскинский († 1837 г.), почитающийся как Апостол Америки. В 1840 году создаётся новая епархия Камчатская, Курильская и Алеутская, на которую был хиротонисан Иннокентий (Вениаминов).
В 1867 году Аляска была продана Царским правительством России Соединенным Штатам. Тем не менее, епископ Иннокентий сумел настоять на включении в договор о продаже пункта, по которому все храмы и земельные участки, принадлежавшие Русской Православной Церкви в Америке, должны были оставаться собственностью Русской Церкви, за которой обеспечивалась полная свобода деятельности. В 1870 учреждается епархия Алеутская и Аляскинская.
Дальнейшее развитие православия в Америке связано с эмиграцией в США и Канаду жителей России, Украины и Австро-Венгрии. В связи с увеличением количества православных приходов в западных штатах в 1872 году центр епархии переносится из Новоархангельска в Сан-Франциско. Под влияние Русской Церкви попадают представители и других православных церквей и даже общиы украинских греко-католиков.
В 1898 году епархию возглавляет епископ Тихон (Беллаавин), будущий Патриарх Московский. В 1900 году епархия получает название Алеутской и Северо-Американской, а в 1905 году её центр переносится в Нью-Йорк. В 1907 году первый церковный Собор епархии определил именовать её как "Русская Православная Греко-Кафолическая Церковь в Северной Америке под юрисдикцией священноначалия от Церкви Российской".
В результате революционных событий в России связь американских иерархов с церковным священноначалием в Москве прерывается и в жизни церкви начинается неразбериха. В 1921 году в Америке учреждена самостоятельная Греческая Архиепископия (до того греческие епископы назначались в состав Северо-Американской епархии по соглашению с РПЦ). Часть приходов в судебном порядке были отданы Заграничному архиерейскому Синоду в Карловцах. После провозглашения Деклорации митрополита Сергия (Старогородского) 1927 года в России на заседании "Синода епископов американских диоцезий Русской Православной Церкви" была издана грамота о учреждении новой церковной структуры - "независимой автономной и автокефальной" Американской Церкви во главе с митрополитом Платоном (Рождественским).
До 1970 года Православная Церковь в Америке отказывалась от общения с Русской Православной Церковью. С другой стороны, стремилась к общению с Константинопольской Церковью. Так в 1967 году для хиротонии Феодосия Лазор (впоследствии предстоятеля церкви) были приглашены два константинопольских епископа. Но в 1970 году произошло воссоединение Американской Церкви с Московским Патриархатом с одновременным дарованием первой автокефалии. В результате образовалась автокефальная Православная Церковь Америки, чей статус до сих пор не признаётся большинством православных церквей.