Происхождение большинства японских сект Нового времени связано с общим кризисом, наблюдавшимся в общественной и религиозной жизни Японии в конце периода сёгуната.
Можно выделить две основных группы сект, возникших в XIX – первой половине XX века. Первая группа – секты на основе синтоизма и различных народных суеверий. Их социальной базой стали беднейшие слои крестьянства, искавшие в новых сектах спасение от безысходной действительности. Как правило, такие секты формировались вокруг женщин-целительниц или низших служителей синтоистского культа, также обладавших целительскими способностями. Характерно, что эти способности появлялись у таких людей после того как они сами излечивались от тяжелых болезней. Их последователи верили, что это стало результатом вселения в них синтоистских божеств, поэтому сами целители почитались как живые боги. Учение таких сект было примитивным и часто сводилось к идее равенства всех людей перед законом Будды. В связи с этим сектантство нередко становилось идеологией протеста против социальной несправедливости и подвергалось преследованию со стороны властей.
Тринадцать таких объединений (двенадцать из которых были основаны между 1876 и 1908 гг.) были официально признаны государством в качестве "синтоистских сект":
Вторая группа – секты, возникшие в результате стремления реформировать японский буддизм, "оживить" его и "приблизить к народу". Идейной основой этой своеобразной "реформации" стала одна из буддийских школ – нитирэнизм. Ведущую роль в сектах этого направления играли буддисты-миряне, преимущественно городские ремесленники и мелкие торговцы. Сектантство в этом случае было попыткой создать альтернативу официальному храмовому буддизму. В этот период буддизм в Японии переживал серьезный кризис. Деятельность его служителей сводилась к механическому отправлению культа, преимущественно заупокойного, миряне были оставлены фактически без духовной опеки. Богословские изыскания ученых монахов были недоступны для абсолютного большинства населения. Зачастую и вера служителей культа носила формальный характер, что не могло ускользнуть от внимания паствы. Кроме того, религиозная активность искусственно сдерживалась властями. При сёгунате каждая семья была закреплена за определенным храмом, принадлежащим к той или иной буддийской школе. Переход в другое буддийское течение был запрещен, миссионерская деятельность также фактически запрещалась. Характерно, что организацией паломничеств, например, занимались не храмы, а группы мирян (ко), независимые от официальной буддийской иерархии. Именно такие группы стали прообразом новых сект, что, в частности проявилось и в их названии, например, "Хоммон буцурю ко".
Секты давали мирянам возможность активно участвовать в религиозной жизни. В противоположность храмовому культу, где миряне молча внимали наставлениям монахов, в секте каждый мог высказать собственное суждение. К тому же, беседы о духовных проблемах в сектах велись на простом общедоступном языке. Сами же миряне становились проповедниками новых учений, превращаясь из обычных мелких торговцев и ремесленников в заметных в своих кругах религиозных деятелей.
Учения подобных сект также были ориентированы на конкретного человека с его житейскими проблемами. Большинство сект, вышедших как из буддизма, так и из синтоизма, учили, что истинная вера должна приводить к конкретному улучшению жизни ее приверженца, в противном случае эту веру нельзя считать истинной. Таким образом, критерием истинности учения становилась его практическая польза, что для прагматичных японцев выглядело весьма привлекательно. Проповедники сект всячески подчеркивали, что их учение способно дать человеку здоровье, успех в делах и т. п. Большую роль в практике сект играло целительство. В среде бедного городского населения такая проповедь не могла не иметь успеха.
Возникновение необуддийских сект часто сравнивается с европейской реформацией. Исследователи отмечают такие схожие черты, как упрощение доктрины, нацеленность на индивида, отмена института духовенства, утверждение тождественности жизни и религии, упрощение культа и неприятие культовых институтов, обмирщение сакрального и возврат к первоисточнику.
Ко времени буржуазной революции 1867 – 1868 гг. новое сектантство получило широкое распространение в Японии. Многие секты, действовавшие в это время, не исчезли бесследно, но стали прямыми предками целого ряда сект на основе нитирэнизма, часть из которых существует и в настоящее время.