Учитывая географическое положение современной Албании можно предположить, что первые христиане появились здесь еще в апостольские времена. Например апостол Павел пишет, что Евангелие было распространено им в плоть до Иллирика (Рим. 15.19), римской провинции, частично пересекающейся с современным очертанием страны. Несомненно, что к III веку христианские общины уже существовали на этой территории. В Х веке под юрисдикцией Болгарской Православной Церкви в Албании учреждается первая епископская кафедра, а вскоре и митрополия. После завоевания Албании турками в 1479 году православие было значительно потеснено исламом. Со второй половины XVIII века православные общины Албании переходят под управление Константинопольского Патриархата. К этому времени усиливается и антиисламское сопротивление. На территории страны строится множество храмов и монастырей.
В начале XX века националистические силы во главе с Теофаном Стилианом Ноли, несмотря на протесты греческой церкви, имевшей до того значительное влияние на развитие церкви в стране, основывают самостоятельную Албанскую Православную Церковь. В 1912 году получает независимость государство Албания. Сам Ноли, бывший до того клириком Северо-Американской епархии Русской Православной Церкви, становиться главой новой церкви и продолжает политическую борьбу, возглавив в 1924 году и правительство страны.
Во время коммунистического правления Энвера Халила Ходжи с 1941 по 1985 год религиозная жизнь находилась в сильном упадке. В результате т.н. атеистической компании 1967 года гонению были подвергнуты абсолютно все конфессии. Многие священники и архиереи были казнены или умерли в заключении. После падения диктаторского режима церковь пришлось восстанавливать практически с нуля. В 1991 году Константинопольский Патриархат восстановил структуру Албанской Православной Церкви и назначил пятерых епархиальных епископов во главе с архиепископом Тиранским. В настоящее время в Албании православие исповедуют по разным данным от 20 до 45% населения.